Il commence en 1990 à l'USM Draa Ben-Khedda en Kabylie. En 1999, il signe un contrat avec la JS Kabylie. Il remporte de nombreux succès avec son équipe tant sur le plan national que continental avec notamment trois Coupe de la CAF successives. En 2007 il quitte la JSK et passe sous les couleurs du WA Tlemcen, puis de l'USM Annaba en 2008, et enfin de l'ASO Chlef en 2009.

Lounès Gaouaoui connaît sa première sélection en équipe nationale d'Algérie le 30 décembre 2001 face au Sénégal mais il ne sera titulaire qu'en 2004. Après le forfait de Mezair et depuis il est le gardien titulaire. Ce talentueux gardien formé dans un club de la région de Tizi-Ouzou (USM Draa Ben Khedda), signe à la Jeunesse sportive de Kabylie en juin 1999, avec laquelle il remporte 3 coupes d'Afrique. Il dispute un match gala sur invitation de Zinedine Zidane dans une équipe composée d'amis de ce dernier contre les Girondins de Bordeaux en 2003. Depuis 2004, Lounès Gaouaoui est le gardien incontestable de l'équipe national algérienne, l'Algérie avait perdue de tels talent pendant la décennie (1991-2001).

Il est un gardien de but connu pour des capacités sautantes spectaculaires.

Il était jusque récemment le gardien de but du premier choix de l'Algérie mais une attaque d'appendicite l'a forcé de manquer la CAN 2010 que tous les deux ont vues que Faouzi Chaouchi le remplace. Il attend cependant toujours la récupération de sa tach comme Numéro 1 pour jouer la de Coupe du monde FIFA 2010.

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